Como todos los pueblos de Fuerteventura, Pájara dispone de un fantástico clima durante todo el año. La temperatura en raras ocasiones desciende de los 17º, durante el día habitualmente supera los 28º y la brisa del mar envía agradable viento fresco para los turistas.

Durante los meses de verano, las lluvias son algo raro. No obstante, algunos chubascos se producen entre los meses de Octubre y Abril. En los meses de invierno y los pocos días nublados, los viajeros necesitarán sudaderas y pantalones largos por las tardes, aunque el vestuario habitual durante la mayoría del año siguen siendo las camisetas, los pantalones cortos y el omnipresente bikini.